Murid magis magang, Chise Hatori, diundang untuk mendaftar di Kolese, sebuah lembaga pembelajaran bergengsi untuk penyihir, untuk memeriksa dan mencari cara untuk menghilangkan kutukan yang dibawanya. Meskipun keraguan tunangannya, Elias Ainsworth, Chise menerima tawaran tersebut, karena dia percaya bahwa menghadiri sekolah itu mungkin akan membantunya mengurangi kecenderungan pengorbanan dirinya.
Sejak awal, Chise menarik perhatian teman sekelas dan profesornya, yang belum pernah melihat seorang penyihir dalam tindakan sebelumnya. Namun, ada rencana jahat yang sedang disusun di belakang Kolese, dan sang penyihir muda harus menentukan siapa yang adalah teman atau musuh untuk menghentikannya.